電子商務金流與物流模式也是多樣的。創業者決定營利模式之後,依據實際販售商品特性，相對搭配的金流與物流模式也於焉形成，單一購物網站實無須配備太多金流或物流功能。
出貨運送(物流)模式多半依據商品體積大小、價位與毛利而定。由於國內線上購物的網友多半不喜歡在購物價額之外另付運費，故業主多選擇足以承受運費成本的物流方式。例如單價低、體積小的美容保養品，多半採用便利超商取貨模式；體積大、單價高的3C商品，則多半採用宅配運送；不易取得交易對象信任之商家，則可考慮採用郵局、快遞或宅配貨到付款。同樣的，一般電子商店會採取兩種以上的運送方式，而2004年國內電子商店採用的出貨方式情況如下：
簡言之，創業者應先擬妥創業企畫書，依照創業企畫中的商業模式選擇適合的網路商店系統程式。而且，越能將訂單處理各階段予以程式系統化，越能降低成本，發揮最大競爭力。
而付款機制(金流)則應視商品價額高低、網友取貨習慣、商品毛利而定。例如：高單價商品適合線上信用卡付款或信用卡分期付款；低單價低毛利商品適合便利超商取貨付款或郵局貨到代收。付款系統功能隨之不同，不能概一而論。電子商店大多採用兩種以上付款方式，統計2004年國內電子商店採用的付款方式如下：
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再觀察目前電子商店的進貨方式也可以發現，大都直接將顧客的訂單轉交給供應商，為30.56％，其他依序為由自有實體商店存貨來提供，為28.06％，向供應商買斷囤貨（20.62％），自行生產（11.77％），依訂單量進貨為最少業者所選擇的方法（7.75％）。